武装部队负责人举行会议讨论了局势的危机和拯救国家的问题，并作出了决定：立即解除米孔贝罗的一切军政职务；解散政府、乌普罗纳党的一切机构和组织；解除武装部队总参谋长托马斯·恩达贝梅耶将军的职务，废除授予他的军衔；政府的日常事务工作由各部的秘书长代行。
政变后，宣布成立布隆迪最高革命委员会，行使国家的最高权力。最高革命委员会宣布成立第二共和国，任命巴加扎为共和国总统。巴加扎中校在就职宣誓中说，新的军政权对内政策的重点是加强民族团结，反对部族主义和地方主义；实行经济独立和发展农业；反对贪污腐化，整顿财政。对外政策将遵循睦邻、不结盟、国际合作和支持民族解放运动的原则。
巴加扎总统任命最高革命委员会成员恩赞比马纳中校为总理，组织新政府。至此，布隆迪新政府开始正常的运转。
点评：
一个政党与政府无执政能力，导致国家政局动荡、经济滑坡或危机，人民生活水平低甚至下降，再加上失去对军队的控制，军人与政界领导人对立，军事政变就为期不远了。1966年的布隆迪政变，再一次说明了这个问题。政变对平民百姓来说也许确是一件好事，不破不立。打碎了旧的国家机器，建设新的国家，在避免内战的前提下，使用政变的方式更替执政者，解决国家长期不能解决的矛盾，不失为好方式之一。